الأمانة العامة هي الجهاز التنفيذي للمؤسسة ، و يتكون هذا الجهاز من سكرتارية تنفيذية و قسم الكمبيوتر و قسم البحوث و يقوم بمهام البحث و التصحيح و المراجعة و الإشراف على النشر و قسم الشؤون الإدارية و المالية ، و يتولى الجهاز التنفيذي على وجه الخصوص الإعداد لاجتماعات مجلس الأمناء و الهيئة الاستشارية لمعجم البابطين لشعراء العربية في القرنين التاسع عشر و العشرين ، و مكتب تحرير المعجم ، و كذلك مكتب تحرير (( معجم البابطين للشعراء العرب المعاصرين - الطبعة الثانية )) ، و لجان التحكيم ، و تنسيق الإنتاج المقدم لنيل الجوائز ، و مراجعته من الناحية الشكلية . و يوجه العمل في المكاتب الإقليمية .. و يمثل الأمين العام المؤسسة في الكثير من المناسبات و المهام ،كما يتولى جهاز الأمانة العامة تنفيذ الخطط و السياسات التي يضعها مجلس الأمناء و يتابع كل ما يصدر عنه من قرارات .

​

و كان أول أمين عام للمؤسسة هو الشاعر عدنان الشايجي الذي عمل خلال الفترة من بداية إنشاء المؤسسة عام 1989 م و حتى شهر يوليو 1991 ، و نظم تحكيم و توزيع جوائز الدورة الأولى في مايو من عام 1990 بفندق ماريوت في القاهرة . و لم يكن جهاز الأمانة العامة قد تشكل بعد ، بل كان الاعتماد على رابطة الأدب الحديث في القاهرة برئاسة الدكتور عبد المنعم خفاجي حيث ساندت الرابطة مشكورة جهود المؤسسة في بداياتها الأولى ووقفت إلى جانبها في تنفيذ مهامها.
 

و في أغسطس من عام 1991 تم تكليف الأستاذ عبد العزيز السريع ليتولى الأمانة العامة للمؤسسة ، و كان وقتها يشغل وظيفة مدير إدارة الثقافة و الفنون في المجلس الوطني للثقافة و الفنون و الآداب ، حتى استقال من عمله الحكومي ، و تفرغ نهائيا لعمله أمنيا عاماً للمؤسسة منذ أكتوبر من عام 1993واستمر لغاية عام 2013 .

​

أعقبه بعد ذلك الأستاذ عبدالرحمن خالد البابطين منذ عام 2013 ولغاية الآن .